مقارن همین ایام بود که «ناصر خسرو» از جانب المستنصر - خلیفه فاطمی - برای نشر و دعوت فاطمی از مصر به خراسان بازگشت. اما اقدام او به نشر این دعوت با مخالفت شدید علما و حکام خراسان مواجه شد که این مخالفتها، عاقبت به خروج یا اخراج او از بلخ منجر شد «حدود ۴۵۳ ق / ۱۰۶۱ م». ولی با این وجود در مازندران ظاهراً پیروانی پیدا کرد که ناصریه خوانده می‌شدند. با این احوال در خراسان با تعصب عموم مردم رو به رو شد تا این که به ناچار در ناحیه بدخشان در کوههای یمگان متواری و سرانجام منزوی شد. با مرگ ناصر خسرو «۴۸۱ ق / ۱۰۸۸ م»، دعوت مستنصری - منسوب به خلیفه فاطمی المستنصر - که بعدها دعوت قدیمه تلقی شد، پایان یافت و دعوت نزاریه - دعوت جدید اسماعیلیه - در تعلیم و تبلیغ حسن صباح طنین افکند.
جانشین المستنصر ۴۸۷ (قمری)/۱۰۹۴ (میلادی) بنا بر حکم آشکار خلیفه، پسر بزرگش نزار بود، اما امیر سپاه مصر که به مستعلی - پسر دیگر خلیفه - ارادت داشت، وی را به خلافت نشاند و او را امام مخصوص خواند. البته چون این قول، حکم آشکار خلیفه پیشین نبود به همین دلیل نمی‌توانست تمام اسماعیلیه را راضی و خشنود کند. نزار در ادعای جانشینی مغلوب و بعدها مقتول شد، به طوری که طرفداران او نیز به نوبه خود از اطاعت خلیفه مصر سرباز زدند. با آن که خلافت فاطمی در نسل مستعلی ادامه پیدا کرد؛ اما از آن پس فاطمیان در مصر دچار هرج و مرج شدند و در شام و ایران نیز با انشعاب مواجه گشتند.حسن صباح که در عهد حیات المستنصر برای نشر دعوت به ایران آمده بود ۴۷۳ (قمری)/۱۰۸۰ (میلادی) به هوا داری از نزاریه - طرفداران نزار، پسر خلیفه که از خلافت فاطمیان بر کنار ماند - به پا خاست به طوری که چند سال بعد، پس از دستیابی به قلعه الموت ۴۸۳ (قمری)/۱۰۹۰ (میلادی)، آن جا را پایگاهی استوار برای رهبری دعوت اسماعیلیه کرد.
خلفای فاطمی نام سلسله‌ای است که از سال ۹۰۹ (میلادی) به مدت تقریبی دو قرن (تا سال ۱۱۷۱ میلادی) بر بخش بزرگی از شمالآفریقا و خاورمیانه و دریای مدیترانه حکومت کرد. خلفای فاطمی پیشوایان شیعه اسماعیلی نیز بودند و نام سلسله آنان به نام فاطمه، دخترمحمّد پیامبر مسلمانان، نامگذاری شده بود. آنان در قسمت مدیترانه‌ای خاورمیانه، بمدت بیش از دو قرن مؤسسِ دولتی بودند که به گسترشِ علم، هنر و بازرگانی علاقهٔ فراوان نشان می‌داد. قاهره پایتختِ مصر، توسط فاطمیان پایه‌گذاری شد. امپراتوری آنها یعنی بخش اولیه تاریخ اسماعیلی، تقریباً از ابتدای اسلام تا قرن یازدهم را در بر می‌گیرد. نخستین خلیفه فاطمی عبدالله المهدی و سه خلیفه فاطمی دیگر، یعنی القائم و المنصور و المعز لدین الله نام داشتند.
خلافت فاطمی در سال ۹۰۹ (میلادی) در شمال آفریقا بنیان نهاده شد و به زودی به سیسیل،مصر، فلسطین و سوریه گسترش یافت و در دوران حکومت هشتمین خلیفهٔ فاطمی، المستنصربالله (وفات ۱۰۹۴ (میلادی)) به اوج قدرت خود رسید. در طول این دورهٔ حدوداً دو قرنی، فاطمیان یک حکومت مرفّه همراه با شادابی عقلانی، اقتصادی و فرهنگی قابل ملاحظه‌ای را پدید آوردند.
دعوت خلفای فاطمی در سرزمین ایران در عهد سامانیان و غزنویان آغاز شد، اما در واقع به وسیلهناصر خسرو قبادیانی، شاعر معروف خراسان و مقارن با اوایل دوران سلاجقه این دعوت تا حدی به ثمر رسید. در ادامه با آن که خلفای مصر در جلب آل بویه سعی فراوانی کردند، اما در این زمینه توفیقی به دست نیاوردند، چنان که عضدالدوله دیلمی در اواخر عمرش همچنان در صدد تسخیر مصر و بر انداختن خلافت فاطمی بود که اجل مهلتش نداد.
با وجود این، سالها پس از مرگ عضدالدوله، یک سردار ترک خلیفه عباسی به نام ارسلان بساسیری به اشاره و تحریک المستنصر، خلیفه فاطمی، بر علیه عباسیان شورید و بغداد را متصرف شد که در پی آن خلیفه القائم بامرالله را از آن جا بیرون کرد و سپس خطبه به نام امام فاطمی خواند (۴۵۰ ق / ۱۰۵۸ م). در آن احوال، خلافت عباسیان در معرض انقراض قرار گرفت، اما از حسن اتفاق، با ظهور طغرل‌بیگ سلجوقی و ورود او به بغداد ۴۵۱ (قمری)/۱۰۵۹ (میلادی)خلافت عباسیان از خطر سقوط حتمی نجات پیدا کرد. از آن پس، جلوگیری از نشر دعوت فاطمی و اهتمام در تعقیب اسماعیلیه، برای سلجوقیان ایران یک تکلیف و تعهد شد که تا پایان آن عصر نیز ادامه داشت.