در آلمان کلیساها دولتی نیستند، در نتیجه بین تشکیلات کلیسایی و دولتی هیچ ارتباطی وجود ندارد و دولت کنترلی بر کلیساها ندارد. طبق قانون اساسی آلمان، کلیسا و دولت می‌تواند در قالب قراردادها و توافقات با یکدیگر ارتباط داشته باشند. دولت در تامین هزینه نهادهای معینی از کلیساها نظیر کودکستان‌ها و مدارس سهیم است و کلیساها مجاز به اخذ مالیات از پیروان خود می‌باشند. این مالیات به طور معمول برای بازپرداخت به دولت جمع‌آوری می‌شود. همچنین گفته می‌شود، تعداد زیادی از دانشجویان رشته الهیات در دانشگاه‌های دولتی تحصیل می‌کنند، اما برابر اشتغال به سمت استادی در این رشته، اخذ موافقت کلیساها ضروری می‌باشد.
فعالیت‌های اجتماعی و خیریه کلیساها بخش مهمی از زندگی عمومی پیروان را تشکیل می‌دهد. همچنین فعالیت کلیساها در بیمارستان‌ها، خانه‌های سالمندان، مشاوره و سرپرستی در کلیه مراحل زندگی در مدارس و مراکز آموزشی و فعالیت‌های روشنگرانه در مورد فرقه‌ها در سطح ناحیه و منطقه چشمگیر است.مسیحیان آلمان به طور عمده پیرو دو مذهب پروتستان و کاتولیک هستند. پروتستان‌ها که حدود 35 درصد کل جمعیت آلمان را تشکیل می‌دهند بیشتر در شمال آلمان و در شهرهای برلین، هامبورگ، لوبک، کیل، برمن، هانوور، مونستر، ازنابروک، کاسل، گوتینگن و شورین ساکن هستند.کلیسای پروتستان آلمان (EKO) مجموعه‌ایی از 24 انجمن کلیسای مستقل لوتری، متحد و اصلاحی می‌باشد. شورای کلیسایی پروتستان عالیترین مرجع قانونگذار و بالاترین سازمان رهبری «اداره کلیسا» می‌باشد که هر دو در شهر هانوور مرکز ایالت «یندرساکسن» قرار دارند. هر سال کنفرانس اسقف‌های کلیسای پروتستان در این شهر تشکیل می‌شود و در پایان اجلاس درباره مسائل مورد بحث یک اعلامیه صادر می‌کنند. همچنین کلیسای پروتستان آلمان عضو شورای یگانگی مسیحیت یا شورای جهانی کلیساها می‌باشد و با کلیساهای روم همکاری نزدیک دارد. همچنین کلیساهای ایالتی از طریق کنفرانس کلیساها در تصمیم گیریها شرکت می‌کنند. سازمان امور خیریه پروتستان‌ها، موسسه «دیاکونیگ» نام دارد.کاتولیک‌ها حدود 34 درصد کل جمعیت کشور آلمان را بر می‌گیرند. کاتولیک‌های این کشور بیشتر در جنوب و مرکز، و در شهرهای مونیخ، نورنبرگ و فرایبورگ، ساربروکن، اشتوتگارت، کارلسروهه، ماینس، کوبلنز، کلن، بن و دوسلدورف اقامت دارند. در بخش شرقی آلمان حدود 2 میلیون نفر کاتولیک هستند.کلیسای کاتولیک به هفت قلمرو اسقف اعظم و بیست اسقف نشین تقسیم شده است در راس سازمان کلیسای کاتولیک آلمان «کنفرانس اسقف‌ها» قرار دارد. هر سال در بهار و پاییز اسقف‌های اعظم، اسقف‌ها و دستیاران آنان، در مجموع بیش از 70 تن در مجمع عمومی کنفرانس اسقف‌های آلمان گرد هم می‌آیند که دبیرخانه این کنفرانس در شهر بن است.مدیریت کلیسای کاتولیک آلمان با کمیته مرکزی است که آن هم در بن واقع می‌باشد. پاپ ژان پل دوم، رهبر کاتولیک‌های جهان در سال‌های 1980 و 1987 با سفر به آلمان جنبش یگانگی مسیحیت و گفتگو میان دولت و کلیسا را به اهمیت خاصی قرار داد.لازم به ذکر است، بعد از اولین شورای واتیکان (در سال 1870) اسقف‌نشین کاتولیکی در دوره کاتولیکی کهن به وجود آمد. اعضای این گرایش مذهبی به دلیل رد عقیده پاپ و حق پاپ که بالاترین شخصیت کلیسا از کلیسا طرد شدند.دومین شورای واتیکان پیشنهادهایی جهت مشارکت پیروان کاتولیک به کلیسا ارائه داده است. که توسط نمایندگان آنها جامعه عمل پوشانده می‌شود. این نمایندگان با 140 اتحادیه و نهاد در کمیته مرکزی کاتولیک‌های آلمان گرد‌آمده هم آمده‌اند.امروزه حدود 30 هزار آلمانی پیرو کلیسای کاتولیک کهن در 58 منطقه کلیسایی به سر می‌برند. انجمن «کاریتاس» آلمان فعالیت‌های نوع دوستانه کلیسای کاتولیک را برعهده دارد.هر دو کلیسای بزرگ مسیحی، کلیسای پروتستان و کاتولیک، پس از 1945 با تلاش در حکومت و جامعه سهم به سزایی در احیای ساختارهای دمکراتیک داشته‌اند. آنها و به ویژه کلیسای پروتستان در دوره پایانی حیات جمهوری دمکراتیک آلمان نقش مهمی را ایفا کردند. آن زمان، در جمهوری دمکراتیک آلمان بسیاری از گروه‌های مخالف در کلیسا تجمع می‌کردند، زیرا در سال 1989 کلیسای پروتستان و کاتولیک برای امکان‌پذیر ساختن اعتراضات مسالمت‌آمیز و مباحثات درهای خود را به روی مخالفان گشوده بودند.همچنین هر دو کلیسا به توسعه کشورهای جهان سوم کمک می‌کنند و مخارج نهادهای خیریه بزرگ کلیسایی با هدایایی داوطلبانه نیکوکار تامین می‌شود. علاوه بر این در آن آلمان سایر مذاهب مسیحی نظیر ارتدوکس، متودیست، باپتسیت و سپاه نجات وجود دارند. در آلمان همچنین 430 هزار نفر پیرو «کلیسای انجیلی جدی» که در سال 1865 به وجود آمد و پیروان آن خود را مسیحی واقعی می‌دانند، 350 هزار نفر پیرو کلیسای یونان، 151 هزار نفر پیرو مکتب «شاهدان یهود» که در سال 1874 توسط کشیش «روسل» تاسیس شد، پیروانش روی کتاب انجیل کار می‌کنند و در انتظار استقرار حکومت الهی هستند، و 150 هزار نفر پیرو کلیسای ارتدوکس صربستان می‌باشند.در سال 1992 تعداد 553 هزار نفر از کلیسا خارج و بی‌مذهب شدند که 361 هزار نفر پروتستان و 192 هزار نفر کاتولیک بودند. مقامات کلیسای پروتستان علت آن را وحدت دو آلمان می‌دانند زیرا در آلمان شرقی که حکومت کمونیستی داشت تعداد افراد بی‌دین، به مراتب بیشتر از افراد دین‌دار بود. آنها عوامل دیگری را نیز مانند رشد کم جمعیت، مهاجرت آلمانی‌ها به خارج از کشور و افزایش تعداد خارجیان در ازدیاد افراد غیرمذهبی دخیل می‌دانند.